AICONSlab/MIRACL

Blank segmentation output

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#186 aperta il 23 ago 2025

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Metriche repository

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Descrizione

I tried to segment my own lsm data. for starter I tried a small block but the generated segmentation are all blank.

here's the command I run in the apptainer.

miracl seg ace -sai /data/200316-1-1_N12_N58204NLSAM_NeuN-ls_M4D/chunk_0_start_1767_4325_941_end_2192_3858_1159.tif -sao /data/outputs/ -sam unet -sar 1.8 1.8 4.0

In the input folder, I have slice_z001.tif to slice_z218.tif, 218 slices in total. each slice has shape (425, 467).

I got seg_final folder, and generated_patches with.

out_patch_0_0.tiff
patch_0_0.tiff
percentage_brain_patch.json

the percentage_brain_patch.json is

{
    "patch_0_0.tiff": 7.688754051923752
}

The out_patch_0_0.tiff has size 512,512,512 and completely blank.

May I ask is there any requirements for the input data? what might cause the issue of having blank segmention output?

Guida contributor

Direzione di ricerca
Controlla la pipeline di segmentazione per la generazione di patch e i passaggi di previsione. Assicurati che le dimensioni di input corrispondano ai requisiti del modello. Esamina il codice di creazione delle patch e verifica che l'output del modello sia scritto correttamente. Cerca problemi relativi al ridimensionamento o a patch vuote.
Tech stack
python
Dominio
datamachine learning
Tipo issue
Bug
DifficoltàQuanto dovrebbe essere impegnativa per un nuovo contributor.
2
Tempo stimatoTempo stimato per completare e verificare uno scope piccolo.
1-3 ore
Stato attivitàQuanto è probabile che la issue sia ancora attiva e reviewable.
Attiva
ChiarezzaQuanto chiaramente la issue descrive problema, scope e risultato atteso.
Abbastanza chiara
Prerequisiti
Python
Adatta ai principiantiQuanto la issue è adatta a contributor alla prima esperienza.
70