stan-dev/bayesplot

mcmc_pairs bivariate off-diagonal plot axis incorrect.

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#132 ouverte le 17 déc. 2017

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Description

Data file: https://drive.google.com/open?id=1pnAUDCz9uscccSaUISodF9cqGF23uNzU

Off-diagonal bivariate scatter plot axes are out of line

My understanding from the documentation is that half the chains are used for each of the off-diagonal plots. In this example case (see posterior data file linked above) the chains have not converged and so the lower off-diagonal plot seems to be using chains that only sampled from one mode, using default condition I think this should be correct. I believe the x-axis should be inline with the above univariate marginal plot and the y-axis inline scaled as the x-axis of the upper off-diagonal bivariate plot?

load(file = "posterior.arr.RData")
mcmc_pairs(posterior, pars = c("u","v"))

mcmc_pairs_joint_samples_missing_data

Guide contributeur

Direction de recherche
Inspectez la fonction mcmc pairs dans le package bayesplot pour comprendre comment les axes des graphiques hors diagonale sont définis. Vérifiez si les limites des axes sont correctement héritées des graphiques marginaux respectifs. Le problème réside probablement dans la logique de mise à l'échelle des axes pour les panneaux hors diagonale.
Stack technique
r
Domaine
data
Type d'issue
Bug
DifficultéDifficulté estimée pour un nouveau contributeur, de 1 pour un très petit changement à 5 pour un travail expert.
2
Temps estiméFourchette de temps approximative pour investiguer, implémenter, tester et préparer une pull request.
1-3 heures
Statut d'activitéDisponibilité apparente de l'issue : fraîche, active, ancienne, bloquée ou en attente d'un mainteneur.
Active
ClartéClarté avec laquelle l'issue explique le changement attendu, les critères d'acceptation et la prochaine étape.
Claire
Prérequis
R
Accessibilité débutantScore de 1 à 100 estimant l'accessibilité de cette issue pour un premier contributeur.
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