sanger-tol/sequencecomposition

Gap coordinates report

Ouverte

#54 ouverte le 4 juin 2026

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Description

Description of feature

Run seqtk gap -l 0 to get a BED file with the gap coordinates. Send the file to bgzip, tabix, etc.

This would be the time we introduce a list of "tools" or "steps" that the user could configure

Guide contributeur

Direction de recherche
Investiguez le workflow Nextflow pour comprendre comment les étapes sont définies et paramétrées, puis concevez une option configurable pour ajouter un rapport de coordonnées des lacunes en exécutant `seqtk gap l 0` et en traitant la sortie avec bgzip et tabix.
Stack technique
groovyshell
Domaine
bioinformatics
Type d'issue
Fonctionnalité
DifficultéDifficulté estimée pour un nouveau contributeur, de 1 pour un très petit changement à 5 pour un travail expert.
3
Temps estiméFourchette de temps approximative pour investiguer, implémenter, tester et préparer une pull request.
1-2 jours
Statut d'activitéDisponibilité apparente de l'issue : fraîche, active, ancienne, bloquée ou en attente d'un mainteneur.
Récente
ClartéClarté avec laquelle l'issue explique le changement attendu, les critères d'acceptation et la prochaine étape.
Claire
Prérequis
GitNextflow
Accessibilité débutantScore de 1 à 100 estimant l'accessibilité de cette issue pour un premier contributeur.
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