sanger-tol/sequencecomposition

Transcript mappability

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#31 ouverte le 2 mai 2022

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Description

Description of feature

This is ideally done with RNA-seq data. It is equal to percentage of reads mapped to the genome. Possible software: WGSIM

Guide contributeur

Direction de recherche
Examinez la structure du pipeline Nextflow et les définitions de processus existantes. Étudiez comment utiliser WGSIM pour simuler les lectures et calculer le pourcentage de lectures alignées sur le génome.
Stack technique
groovy
Domaine
data
Type d'issue
Fonctionnalité
DifficultéDifficulté estimée pour un nouveau contributeur, de 1 pour un très petit changement à 5 pour un travail expert.
3
Temps estiméFourchette de temps approximative pour investiguer, implémenter, tester et préparer une pull request.
Une demi journée
Statut d'activitéDisponibilité apparente de l'issue : fraîche, active, ancienne, bloquée ou en attente d'un mainteneur.
Récente
ClartéClarté avec laquelle l'issue explique le changement attendu, les critères d'acceptation et la prochaine étape.
Plutôt claire
Prérequis
GitNextflow
Accessibilité débutantScore de 1 à 100 estimant l'accessibilité de cette issue pour un premier contributeur.
65