sanger-tol/sequencecomposition

Genome mappability

Ouverte

#30 ouverte le 2 mai 2022

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 (4 commentaires) (0 réaction) (0 personne assignée)Nextflow (3 forks)auto 404
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Métriques du dépôt

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 (2 étoiles)
Métriques de merge PR
 (Métriques PR en attente)

Description

Description of feature

It is equal to percentage of reads mapped to the genome. Possible software: WGSIM

Guide contributeur

Direction de recherche
Commencez par explorer la structure du dépôt et les modules Nextflow existants pour comprendre comment les statistiques sont actuellement calculées et rapportées. Identifiez le fichier de workflow principal et comment les processus sont définis. Ensuite, étudiez comment ajouter un nouveau processus pour la mappabilité. Envisagez d'utiliser WGSIM pour simuler des lectures à partir du génome, les aligner à nouveau sur le génome et calculer le pourcentage de lectures mappées. Vérifiez la configuration du conteneur (par exemple Docker ou Conda) pour voir comment les outils externes sont intégrés.
Stack technique
Aucun
Domaine
data
Type d'issue
Fonctionnalité
DifficultéDifficulté estimée pour un nouveau contributeur, de 1 pour un très petit changement à 5 pour un travail expert.
3
Temps estiméFourchette de temps approximative pour investiguer, implémenter, tester et préparer une pull request.
1-2 jours
Statut d'activitéDisponibilité apparente de l'issue : fraîche, active, ancienne, bloquée ou en attente d'un mainteneur.
Active
ClartéClarté avec laquelle l'issue explique le changement attendu, les critères d'acceptation et la prochaine étape.
Claire
Prérequis
GitNextflow
Accessibilité débutantScore de 1 à 100 estimant l'accessibilité de cette issue pour un premier contributeur.
55