sanger-tol/sequencecomposition

Stop codon frequency track

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#26 ouverte le 17 juin 2024

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Description

Implement this as a follow-up to fasta_windows, which already count the frequencies of every 3-mer.

We may need to add a parameter to the pipeline to select the right codon table (or add a taxon_id parameter ? is it recorded already in the JSON we get from NCBI datasets ?)

Guide contributeur

Direction de recherche
Inspectez le module fasta windows existant pour comprendre comment les fréquences de 3 mer sont calculées. Déterminez où ajouter la piste de fréquence des codons stop et comment paramétrer la table de codons. Vérifiez si le JSON d'entrée des jeux de données NCBI inclut taxon id pour sélectionner automatiquement la table de codons correcte.
Stack technique
groovyshell
Domaine
bioinformaticsdata
Type d'issue
Fonctionnalité
DifficultéDifficulté estimée pour un nouveau contributeur, de 1 pour un très petit changement à 5 pour un travail expert.
2
Temps estiméFourchette de temps approximative pour investiguer, implémenter, tester et préparer une pull request.
1-2 jours
Statut d'activitéDisponibilité apparente de l'issue : fraîche, active, ancienne, bloquée ou en attente d'un mainteneur.
Active
ClartéClarté avec laquelle l'issue explique le changement attendu, les critères d'acceptation et la prochaine étape.
Plutôt claire
Prérequis
GitNextflow
Accessibilité débutantScore de 1 à 100 estimant l'accessibilité de cette issue pour un premier contributeur.
60