LTR retrotransposons from `LTRharvest`

Métriques du dépôt

Stars

2 étoiles (2 étoiles)

Métriques de merge PR

Métriques PR en attente (Métriques PR en attente)

Description

Guide contributeur

Direction de recherche

Explorez le pipeline GDA (https://github.com/sanger tol/gda) pour localiser le code qui gère les rétrotransposons LTR, en particulier les modules ou processus utilisant LTRharvest. Comprenez comment le pipeline GDA intègre cette fonctionnalité et quelles entrées/sorties il attend. Comparez ensuite avec la structure de sequencecomposition pour déterminer où et comment ajouter une fonctionnalité similaire, en suivant les modèles de module et de workflow Nextflow existants.

Stack technique

groovy

Domaine

bioinformatics

Type d'issue

Fonctionnalité

DifficultéDifficulté estimée pour un nouveau contributeur, de 1 pour un très petit changement à 5 pour un travail expert.

3

Temps estiméFourchette de temps approximative pour investiguer, implémenter, tester et préparer une pull request.

1-2 jours

Statut d'activitéDisponibilité apparente de l'issue : fraîche, active, ancienne, bloquée ou en attente d'un mainteneur.

Active

ClartéClarté avec laquelle l'issue explique le changement attendu, les critères d'acceptation et la prochaine étape.

Investigation requise

Prérequis

GitNextflow

Accessibilité débutantScore de 1 à 100 estimant l'accessibilité de cette issue pour un premier contributeur.

50