sanger-tol/sequencecomposition

Tandem repeats from `trf`

Ouverte

#17 ouverte le 2 juin 2024

Voir sur GitHubGuide contributeur
 (1 commentaire) (0 réaction) (0 personne assignée)Nextflow (3 forks)auto 404
good first issuehelp wanted

Métriques du dépôt

Stars
 (2 étoiles)
Métriques de merge PR
 (Métriques PR en attente)

Description

Copy the functionality from the GDA pipeline. Software available at https://github.com/Benson-Genomics-Lab/TRF.

Guide contributeur

Direction de recherche
Inspectez le code source du pipeline GDA pour comprendre comment TRF est utilisé pour la détection de répétitions en tandem, puis localisez la structure de processus correspondante dans ce référentiel pour ajouter une étape similaire. Vérifiez si TRF est déjà inclus dans un conteneur ou s'il doit être ajouté.
Stack technique
shell
Domaine
dataanalytics
Type d'issue
Fonctionnalité
DifficultéDifficulté estimée pour un nouveau contributeur, de 1 pour un très petit changement à 5 pour un travail expert.
3
Temps estiméFourchette de temps approximative pour investiguer, implémenter, tester et préparer une pull request.
1-2 jours
Statut d'activitéDisponibilité apparente de l'issue : fraîche, active, ancienne, bloquée ou en attente d'un mainteneur.
Active
ClartéClarté avec laquelle l'issue explique le changement attendu, les critères d'acceptation et la prochaine étape.
Plutôt claire
Prérequis
GitNextflow
Accessibilité débutantScore de 1 à 100 estimant l'accessibilité de cette issue pour un premier contributeur.
55