sanger-tol/sequencecomposition

stainedglass self-alignment heatmap

Ouverte

#14 ouverte le 28 nov. 2023

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 (3 commentaires) (0 réaction) (0 personne assignée)Nextflow (3 forks)auto 404
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Description

Description of feature

stainedglass is particularly useful for disentangling tandem repeat structures and segmental duplications. Under the hood, it is a snakemake workflow of bwa mem alignments of chunked genome + some custom scripts for transformation of the alignments into a heatmap. It can produce higlass-compatible cooler output:

cd StainedGlass
samtools faidx ref.fa
snakemake --use-conda --cores 16 cooler_density --config nbatch=4 alnthreads=4 fasta=ref.fa window=32 cooler_window=100 sample=sample_id

Guide contributeur

Direction de recherche
Examinez la structure du workflow Nextflow du dépôt, examinez les processus existants pour comprendre comment en ajouter un nouveau, et étudiez StainedGlass pour voir comment intégrer la génération de heatmap d'auto alignement dans le pipeline. Lisez également les commentaires du problème pour toute exigence nuancée.
Stack technique
groovyshell
Domaine
databackend
Type d'issue
Fonctionnalité
DifficultéDifficulté estimée pour un nouveau contributeur, de 1 pour un très petit changement à 5 pour un travail expert.
3
Temps estiméFourchette de temps approximative pour investiguer, implémenter, tester et préparer une pull request.
1-2 jours
Statut d'activitéDisponibilité apparente de l'issue : fraîche, active, ancienne, bloquée ou en attente d'un mainteneur.
Active
ClartéClarté avec laquelle l'issue explique le changement attendu, les critères d'acceptation et la prochaine étape.
Plutôt claire
Prérequis
GitNextflowGroovyShell
Accessibilité débutantScore de 1 à 100 estimant l'accessibilité de cette issue pour un premier contributeur.
45