roybens/MEA_Analysis

Preprocessing: SpikeInterface local CMR local_radius=(250,250) likely empty annulus; falls back to global

Ouverte

#125 ouverte le 2 févr. 2026

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buggood first issue

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Description

Summary

Local common median reference (CMR) in preprocessing seems like it should fail local_radius=(250, 250), causing fallback to global CMR every time. Not sure if this is the intent, or if I'm misunderstanding the code. I also wrote a note near the offending code for greater context (in aw_dev branch)

Impact

  • Potentially changes preprocessing behavior and downstream burst/network metrics.
  • Might be happening on most/ all runs (needs confirmation).

Where

MEA_Analysis/IPNAnalysis/mea_analysis_routine.py in run_preprocessing():

rec = spre.common_reference(rec, reference='local', operator='median', local_radius=(250, 250))

Expected behavior

  • Warning logged: Local CMR failed (missing locations?), using Global CMR.

Guide contributeur

Direction de recherche
Inspectez le paramètre local radius dans l'appel common reference pour déterminer pourquoi il conduit à un anneau vide, provoquant un repli sur le CMR global.
Stack technique
python
Domaine
data
Type d'issue
Bug
DifficultéDifficulté estimée pour un nouveau contributeur, de 1 pour un très petit changement à 5 pour un travail expert.
2
Temps estiméFourchette de temps approximative pour investiguer, implémenter, tester et préparer une pull request.
1-3 heures
Statut d'activitéDisponibilité apparente de l'issue : fraîche, active, ancienne, bloquée ou en attente d'un mainteneur.
Active
ClartéClarté avec laquelle l'issue explique le changement attendu, les critères d'acceptation et la prochaine étape.
Claire
Prérequis
PythonGit
Accessibilité débutantScore de 1 à 100 estimant l'accessibilité de cette issue pour un premier contributeur.
75