r-bioinformatics/edgePy

data normalization functions

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#9 ouverte le 16 mai 2018

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Description

Functions for normalizing read count data:

First:

(and other normalization methods)

  • TMM
  • RLE
  • UPPERQUANTILE

Guide contributeur

Direction de recherche
Implémentez la normalisation FPKM comme indiqué dans la documentation d'edgeR, puis passez à la normalisation TMM, RLE et upper quantile. Assurez la cohérence avec les implémentations existantes de CPM et RPKM.
Stack technique
python
Domaine
bioinformatics
Type d'issue
Fonctionnalité
DifficultéDifficulté estimée pour un nouveau contributeur, de 1 pour un très petit changement à 5 pour un travail expert.
3
Temps estiméFourchette de temps approximative pour investiguer, implémenter, tester et préparer une pull request.
1-2 jours
Statut d'activitéDisponibilité apparente de l'issue : fraîche, active, ancienne, bloquée ou en attente d'un mainteneur.
Active
ClartéClarté avec laquelle l'issue explique le changement attendu, les critères d'acceptation et la prochaine étape.
Claire
Prérequis
Pythonbiology fundamentals
Accessibilité débutantScore de 1 à 100 estimant l'accessibilité de cette issue pour un premier contributeur.
50