pymc-devs/pymc

Use same API for defining internal and external Nuts kwargs

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#6 757 ouverte le 7 juin 2023

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Description

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User on discourse reported:

How can I set the maximum tree depth for the NUTS method from the numpyro library? The way described in the test file test_mcmc_external.py doesn’t work:

import pymc as pm
import numpy as np

with pm.Model():
        a = pm.Normal("a")
        idata = pm.sample(nuts_sampler = "numpyro",
                          target_accept = 0.99,
                          nuts = {"max_treedepth": 1},
                          random_seed = 1410)

print(np.max(idata.sample_stats.tree_depth))
# <xarray.DataArray 'tree_depth' ()>
# array(4)

and specifying something via the nuts_kwargs argument throws ValueError: Unused step method arguments: {'nuts_kwargs'}.

I don't know if nuts should be converted to nuts_kwargs, but even if a user were to pass nuts_kwargs to sample, those wouldn't make it to the sample_numpyro_nuts function because we drop arbitrary kwargs passed here:

https://github.com/pymc-devs/pymc/blob/261862d778910a09c5b61edcc66958519a86815e/pymc/sampling/mcmc.py#L252

Guide contributeur

Direction de recherche
Inspectez la gestion des kwargs dans l'appel sample() et leur transmission à sample numpyro nuts, notamment autour de la ligne 252 de mcmc.py. Assurez vous que le paramètre 'nuts' (ou 'nuts kwargs') est correctement transmis et non supprimé.
Stack technique
python
Domaine
backend
Type d'issue
Bug
DifficultéDifficulté estimée pour un nouveau contributeur, de 1 pour un très petit changement à 5 pour un travail expert.
2
Temps estiméFourchette de temps approximative pour investiguer, implémenter, tester et préparer une pull request.
1-3 heures
Statut d'activitéDisponibilité apparente de l'issue : fraîche, active, ancienne, bloquée ou en attente d'un mainteneur.
Active
ClartéClarté avec laquelle l'issue explique le changement attendu, les critères d'acceptation et la prochaine étape.
Plutôt claire
Prérequis
PythonPyMC
Accessibilité débutantScore de 1 à 100 estimant l'accessibilité de cette issue pour un premier contributeur.
55