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Refactor `EmpiricalGroup` to take `InferenceData` inputs

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#5 884 ouverte le 12 juin 2022

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Description

To decrease our dependence on MultiTrace, and to improve support for workflows were InferenceData objects are saved to disk, the EmpiricalGroup approximation should be refactored.

Currently it takes only MultiTrace inputs, but that's just because it needs access to transformed posterior draws. Since the approximation is created inside a modelcontext, it should be no problem to get the transforms from the Model and apply them to untransformed posterior draws.

Steps

  1. Write a function to transform posterior draws given a pm.Model instance and an xarray.Dataset (e.g. idata.posterior) containing untransformed draws.
  2. Refactor EmpiricalGroup to work with that xarray variable instead of a MultiTrace
  3. Maintain backwards-compatibility (with a deprecation warning) by automatically converting MultiTrace inhputs to InferenceData internally

Guide contributeur

Direction de recherche
Écrivez une fonction pour transformer les tirages a posteriori à partir d'un pm.Model et d'un xarray.Dataset, puis refactorisez EmpiricalGroup pour utiliser cette fonction, en maintenant la rétrocompatibilité avec un avertissement de dépréciation pour les entrées MultiTrace.
Stack technique
python
Domaine
backend
Type d'issue
Refactorisation
DifficultéDifficulté estimée pour un nouveau contributeur, de 1 pour un très petit changement à 5 pour un travail expert.
2
Temps estiméFourchette de temps approximative pour investiguer, implémenter, tester et préparer une pull request.
1-3 heures
Statut d'activitéDisponibilité apparente de l'issue : fraîche, active, ancienne, bloquée ou en attente d'un mainteneur.
Active
ClartéClarté avec laquelle l'issue explique le changement attendu, les critères d'acceptation et la prochaine étape.
Claire
Prérequis
PythonPyMCxarray
Accessibilité débutantScore de 1 à 100 estimant l'accessibilité de cette issue pour un premier contributeur.
60