nf-core/deepvariant

Add CRAM support

Ouverte

#26 ouverte le 20 févr. 2020

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 (1 commentaire) (0 réaction) (0 personne assignée)Nextflow (26 forks)auto 404
feature-requestgood first issue

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Description

Currently, the pipeline uses "*.bam" to find input files. We have, for a while now, switched to CRAM since the space savings are significant (50%). Any chance that the pipeline could be updated to natively support cram (DV does, as far as I know)?

Guide contributeur

Direction de recherche
Enquêtez sur la façon dont le pipeline découvre actuellement les fichiers BAM et modifiez le pour qu'il gère également les fichiers CRAM. Notez que le CRAM nécessite un génome de référence pour la décompression, alors vérifiez comment le fournir dans la configuration du pipeline.
Stack technique
Aucun
Domaine
backend
Type d'issue
Fonctionnalité
DifficultéDifficulté estimée pour un nouveau contributeur, de 1 pour un très petit changement à 5 pour un travail expert.
3
Temps estiméFourchette de temps approximative pour investiguer, implémenter, tester et préparer une pull request.
Une demi journée
Statut d'activitéDisponibilité apparente de l'issue : fraîche, active, ancienne, bloquée ou en attente d'un mainteneur.
Active
ClartéClarté avec laquelle l'issue explique le changement attendu, les critères d'acceptation et la prochaine étape.
Claire
Prérequis
GitNextflow
Accessibilité débutantScore de 1 à 100 estimant l'accessibilité de cette issue pour un premier contributeur.
65