nextflow-io/nextflow

Cumulative job duration (realtime) in the nextflow execution report

Open

#6 298 ouverte le 22 juil. 2025

Voir sur GitHub
 (0 commentaires) (0 réactions) (0 assignés)Groovy (784 forks)batch import
good first issuestale

Métriques du dépôt

Stars
 (3 382 stars)
Métriques de merge PR
 (Merge moyen 3j 18h) (38 PRs mergées en 30 j)

Description

New feature

The nextflow execution report is a very helpful tool for profiling pipeline performance and resource allocation. The current report describes well the per-process distribution of runtimes, but does not report the cumulative realtime duration by process.

Use case

I have some process which run in reasonable amount of time, but are executed many thousands of times, leading to very large cumulative runtimes. These processes are great candidates for performance optimization, but do not stand out in the current report.

Suggested implementation

I currently derive this from the trace file, but it would be right at home as a cumulative runtime bar plot in a separate tab of the Job Duration section of the execution report.

Guide contributeur

Direction de recherche
Commencez par examiner le code existant de génération de rapport d'exécution, probablement dans les modules qui produisent les HTML/graphiques. Recherchez la section "Job Duration" et comment le graphique de distribution actuel est construit. Le graphique à barres de durée cumulative pourrait être ajouté comme un nouvel onglet en suivant le même modèle. Envisagez d'utiliser l'analyse de fichier de trace déjà présente. Comme il n'y a pas de commentaires ou de PR, le contributeur doit proposer une conception dans l'issue avant de coder.
Stack technique
groovy
Domaine
performancedata
Type d'issue
Fonctionnalité
DifficultéDifficulté estimée pour un nouveau contributeur, de 1 pour un très petit changement à 5 pour un travail expert.
3
Temps estiméFourchette de temps approximative pour investiguer, implémenter, tester et préparer une pull request.
1-2 jours
Statut d'activitéDisponibilité apparente de l'issue : fraîche, active, ancienne, bloquée ou en attente d'un mainteneur.
Récente
ClartéClarté avec laquelle l'issue explique le changement attendu, les critères d'acceptation et la prochaine étape.
Plutôt claire
Prérequis
Familiarity with Nextflow execution reportBasic Groovy/Java knowledge
Accessibilité débutantScore de 1 à 100 estimant l'accessibilité de cette issue pour un premier contributeur.
50