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AWS Batch Fargate requires exact CPU values?

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#5 781 ouverte le 12 févr. 2025

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Description

When running wf-human-variation from ONT on AWSBatch Fargate, I get this error

ERROR ~ Error executing process > 'ingress:minimap2_alignment (1)'

Caused by:
  Requirement of 12 CPUs is not allowed by Fargate -- Check process with name 'ingress:minimap2_alignment (1)'

From what I can tell it's because the requested CPU value does not match one from the list found here:

https://github.com/nextflow-io/nextflow/blob/944f48f9b52d47032bf57e16cfe11fe9410972b2/plugins/nf-amazon/src/main/nextflow/cloud/aws/batch/AwsBatchTaskHandler.groovy#L923-L943

It seems a bit restrictive to require specific CPU values, am I doing something wrong or is that in fact the case?

Guide contributeur

Direction de recherche
Enquêtez sur les valeurs CPU autorisées pour AWS Batch Fargate et comparez les avec la liste codée en dur dans AwsBatchTaskHandler.groovy. Déterminez si la validation doit être assouplie ou si le message d'erreur doit être amélioré pour lister les valeurs autorisées.
Stack technique
groovyaws
Domaine
backendclouddevops
Type d'issue
Bug
DifficultéDifficulté estimée pour un nouveau contributeur, de 1 pour un très petit changement à 5 pour un travail expert.
2
Temps estiméFourchette de temps approximative pour investiguer, implémenter, tester et préparer une pull request.
1-3 heures
Statut d'activitéDisponibilité apparente de l'issue : fraîche, active, ancienne, bloquée ou en attente d'un mainteneur.
Active
ClartéClarté avec laquelle l'issue explique le changement attendu, les critères d'acceptation et la prochaine étape.
Claire
Prérequis
GitAWS Batch concepts
Accessibilité débutantScore de 1 à 100 estimant l'accessibilité de cette issue pour un premier contributeur.
55