nextflow-io/nextflow

Add error strategy shortcuts

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#563 ouverte le 10 janv. 2018

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Description

The errorStrategy 'retry' implicitly terminates the execution when a task exceeds the max number of allowed retries.

There are use cases in which the user wants to ignore of finish the workflow execution. This is possible by using a dynamic error strategy (closure). However it would be useful to provide two new synthetic error strategies to simplifies the above use case, such as:

  • retryThenIgnore: task execution is retried in case of error, if the errors exceed the maximum number allowed the task is ignored by applying the ignore error strategy.
  • retryThenFinish: task execution is retried in case of error, if the errors exceed the maximum number allowed the execution is stopped by applying the finish error strategy.

Guide contributeur

Direction de recherche
Étudiez l'implémentation existante des stratégies d'erreur dans Nextflow, en particulier la stratégie de retry et comment sont appliqués ignore et finish. Implémentez ensuite deux nouvelles stratégies qui étendent le comportement de retry avec ces fallbacks.
Stack technique
groovy
Domaine
backend
Type d'issue
Fonctionnalité
DifficultéDifficulté estimée pour un nouveau contributeur, de 1 pour un très petit changement à 5 pour un travail expert.
2
Temps estiméFourchette de temps approximative pour investiguer, implémenter, tester et préparer une pull request.
1-2 jours
Statut d'activitéDisponibilité apparente de l'issue : fraîche, active, ancienne, bloquée ou en attente d'un mainteneur.
Active
ClartéClarté avec laquelle l'issue explique le changement attendu, les critères d'acceptation et la prochaine étape.
Claire
Prérequis
Nextflow
Accessibilité débutantScore de 1 à 100 estimant l'accessibilité de cette issue pour un premier contributeur.
50