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A flag to remove quotation marks from index file

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#5 546 ouverte le 27 nov. 2024

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 (1 commentaire) (0 réactions) (0 assignés)Groovy (784 forks)batch import
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Description

New feature

Usage scenario

I want to create a several entry point for the pipeline, so that users would be able to rerun my pipeline from the middle. This requires a creation of file list which are required to run pipeline from middle entry point (see example).

Suggest implementation

For this I find index file creation a very useful feature. The only problem is that quotation marks are added to the values. This makes index files more difficult to read as well as prevents a direct reading from them with .splitCsv operator as quotation marks are still left. This causes an error:

ERROR ~ Error executing process > 'PYCISTOPIC:INFERPEAKS:InferConsensus (22)'
Caused by:
  Not a valid path value: '"home/launchdir/results/narrowPeaks/neurons_peaks.narrowPeak"'

So it would be great to have a way to remove quotation marks from index file

Guide contributeur

Direction de recherche
La demande concerne un indicateur pour supprimer les guillemets des fichiers d'index générés par Nextflow. Commencez par examiner la logique d'écriture des fichiers d'index dans le code source de Nextflow, probablement autour de la classe `IndexFile` ou des composants de pipeline associés. Recherchez où les guillemets sont ajoutés aux chemins de fichiers et envisagez d'ajouter une option de configuration (par exemple `quoteIndexValues`) qui par défaut est `true` pour assurer la rétrocompatibilité.
Stack technique
groovy
Domaine
clideveloper experience
Type d'issue
Fonctionnalité
DifficultéDifficulté estimée pour un nouveau contributeur, de 1 pour un très petit changement à 5 pour un travail expert.
3
Temps estiméFourchette de temps approximative pour investiguer, implémenter, tester et préparer une pull request.
1-3 heures
Statut d'activitéDisponibilité apparente de l'issue : fraîche, active, ancienne, bloquée ou en attente d'un mainteneur.
Récente
ClartéClarté avec laquelle l'issue explique le changement attendu, les critères d'acceptation et la prochaine étape.
Claire
Prérequis
Familiarity with Nextflow internalsGroovy programming
Accessibilité débutantScore de 1 à 100 estimant l'accessibilité de cette issue pour un premier contributeur.
60