nextflow-io/nextflow

Add an option to the file method to check for md5sum

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#2 491 ouverte le 14 déc. 2021

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 (9 commentaires) (0 réactions) (1 assigné)Groovy (784 forks)batch import
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Description

After discussion on the nf-core slack, we (@ewels, @mahesh-panchal) think that it would be useful to add a native option to the file method to check the integrity of the files that are staged. Using the example shown in the documentation here, an option that might be named checksum should allow providing the hash in a similar manner to the code below:

pdb = file('http://files.rcsb.org/header/5FID.pdb', checksum: 'ba45addcc599af2ac71492f0f55da866')

The idea will be that the hash of the file is calculated either if the file is staged or if it is already present in the cage by a previous execution and that if the hash does not match the provided by the user an exception is raised, similarly to what happens when checkIfExists option is set to true and the file is not found in the system.

Guide contributeur

Direction de recherche
Trouvez l'implémentation de la classe File dans Nextflow, localisez où se produit le staging et ajoutez une option de somme de contrôle qui valide le hachage MD5 par rapport à la valeur fournie. Levez une exception en cas de non correspondance.
Stack technique
groovy
Domaine
backenddevopstooling
Type d'issue
Fonctionnalité
DifficultéDifficulté estimée pour un nouveau contributeur, de 1 pour un très petit changement à 5 pour un travail expert.
3
Temps estiméFourchette de temps approximative pour investiguer, implémenter, tester et préparer une pull request.
1-2 jours
Statut d'activitéDisponibilité apparente de l'issue : fraîche, active, ancienne, bloquée ou en attente d'un mainteneur.
Active
ClartéClarté avec laquelle l'issue explique le changement attendu, les critères d'acceptation et la prochaine étape.
Claire
Prérequis
GroovyNextflow
Accessibilité débutantScore de 1 à 100 estimant l'accessibilité de cette issue pour un premier contributeur.
50