Miladeb77/Y2_Genepanel_project

Ensembl Optimisation

Ouverte

#9 ouverte le 10 déc. 2024

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backendenhancementhelp wantedsprint3

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Description

Trello: https://trello.com/b/WAMAUQjB/stp-year2-software-eng-project The api_ensembl code takes the ENSG IDs from panelgenemapper and uses it as input for an api request which will retrieve the bed file for all the exons within the genes in the specified panel.

For R-code 58 it has 123 genes and takes 4 minutes and 46 seconds to run - Need help trying to optimize timings for this.

Guide contributeur

Direction de recherche
Profilez le script actuel pour identifier les goulots d'étranglement, explorez le traitement par lots des requêtes API Ensembl, envisagez de mettre en cache les réponses localement et utilisez des requêtes parallèles lorsque c'est possible.
Stack technique
python
Domaine
backendapi
Type d'issue
Performance
DifficultéDifficulté estimée pour un nouveau contributeur, de 1 pour un très petit changement à 5 pour un travail expert.
2
Temps estiméFourchette de temps approximative pour investiguer, implémenter, tester et préparer une pull request.
Une demi journée
Statut d'activitéDisponibilité apparente de l'issue : fraîche, active, ancienne, bloquée ou en attente d'un mainteneur.
Active
ClartéClarté avec laquelle l'issue explique le changement attendu, les critères d'acceptation et la prochaine étape.
Plutôt claire
Prérequis
GitPythonREST API
Accessibilité débutantScore de 1 à 100 estimant l'accessibilité de cette issue pour un premier contributeur.
65