Miladeb77/Y2_Genepanel_project

Bed file integration

Ouverte

#3 ouverte le 20 nov. 2024

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backendbughelp wantedsprint3

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Description

Issue:

I have managed to extract the gene name start, end and chromosome from ensembl api. However, I am having trouble figuring out how to convert this to a bed file with all the transcripts for the gene

Guide contributeur

Direction de recherche
Recherchez comment utiliser l'API REST Ensembl pour récupérer tous les transcrits d'un gène et comprenez le format de fichier BED. Ensuite, explorez comment mapper les coordonnées du gène aux coordonnées des transcrits et générer un fichier BED en Python.
Stack technique
python
Domaine
data
Type d'issue
Fonctionnalité
DifficultéDifficulté estimée pour un nouveau contributeur, de 1 pour un très petit changement à 5 pour un travail expert.
3
Temps estiméFourchette de temps approximative pour investiguer, implémenter, tester et préparer une pull request.
Une demi journée
Statut d'activitéDisponibilité apparente de l'issue : fraîche, active, ancienne, bloquée ou en attente d'un mainteneur.
Active
ClartéClarté avec laquelle l'issue explique le changement attendu, les critères d'acceptation et la prochaine étape.
Plutôt claire
Prérequis
Git
Accessibilité débutantScore de 1 à 100 estimant l'accessibilité de cette issue pour un premier contributeur.
65