seanome/kmerseek

Get Uniprot domains from overlapping regions found in k-mers

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#6 geöffnet am 11.02.2025

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Beschreibung

Initial work started in this PR https://github.com/seanome/kmerseek/pull/1 in src/kmerseek/uniprot.py, but it's just a dummy function with pass. Would probably involve JSON and/or XML parsing to search through Uniprot data, but more likely XML because that's the easiest download from the regular Uniprot releases. Also see: https://github.com/olgabot/botryllus-mhc/blob/main/notebooks/400_query_uniprot_rest_api.ipynb

Contributor Guide

Research-Richtung
Überprüfen Sie den verlinkten PR (#1) und das Notebook, um das Datenformat und die API zu verstehen. Implementieren Sie die Funktion in uniprot.py, um Uniprot XML zu parsen und Domänen aus überlappenden k mer Regionen zu extrahieren.
Tech Stack
rust
Domain
databioinformatics
Issue Type
Funktion
SchwierigkeitGeschätzte Implementierungsschwierigkeit für neue Contributors, von 1 für sehr kleine Änderungen bis 5 für Expertenarbeit.
3
Geschätzte ZeitEin grober Zeitrahmen, um zu recherchieren, zu implementieren, zu testen und einen Pull Request vorzubereiten.
Halber Tag
AktivitätsstatusWie verfügbar das Issue gerade wirkt: frisch, aktiv, stale, blockiert oder wartet auf Maintainer-Input.
Frisch
KlarheitWie klar das Issue die erwartete Änderung, Akzeptanzkriterien und den nächsten Schritt erklärt.
Meist klar
Voraussetzungen
RustXML parsing
EinsteigerfreundlichkeitEin Score von 1 bis 100, der schätzt, wie zugänglich dieses Issue für First-Time Contributors ist.
40