roybens/MEA_Analysis

Preprocessing: SpikeInterface local CMR local_radius=(250,250) likely empty annulus; falls back to global

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#125 geöffnet am 02.02.2026

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Beschreibung

Summary

Local common median reference (CMR) in preprocessing seems like it should fail local_radius=(250, 250), causing fallback to global CMR every time. Not sure if this is the intent, or if I'm misunderstanding the code. I also wrote a note near the offending code for greater context (in aw_dev branch)

Impact

  • Potentially changes preprocessing behavior and downstream burst/network metrics.
  • Might be happening on most/ all runs (needs confirmation).

Where

MEA_Analysis/IPNAnalysis/mea_analysis_routine.py in run_preprocessing():

rec = spre.common_reference(rec, reference='local', operator='median', local_radius=(250, 250))

Expected behavior

  • Warning logged: Local CMR failed (missing locations?), using Global CMR.

Contributor Guide

Research-Richtung
Überprüfen Sie den local radius Parameter im common reference Aufruf, um herauszufinden, warum er zu einem leeren Ring führt und ein Fallback auf globales CMR verursacht.
Tech Stack
python
Domain
data
Issue Type
Fehler
SchwierigkeitGeschätzte Implementierungsschwierigkeit für neue Contributors, von 1 für sehr kleine Änderungen bis 5 für Expertenarbeit.
2
Geschätzte ZeitEin grober Zeitrahmen, um zu recherchieren, zu implementieren, zu testen und einen Pull Request vorzubereiten.
1-3 Stunden
AktivitätsstatusWie verfügbar das Issue gerade wirkt: frisch, aktiv, stale, blockiert oder wartet auf Maintainer-Input.
Aktiv
KlarheitWie klar das Issue die erwartete Änderung, Akzeptanzkriterien und den nächsten Schritt erklärt.
Klar
Voraussetzungen
PythonGit
EinsteigerfreundlichkeitEin Score von 1 bis 100, der schätzt, wie zugänglich dieses Issue für First-Time Contributors ist.
75