r-bioinformatics/edgePy

data normalization functions

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#9 geöffnet am 16. Mai 2018

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Beschreibung

Functions for normalizing read count data:

First:

(and other normalization methods)

  • TMM
  • RLE
  • UPPERQUANTILE

Contributor Guide

Research-Richtung
Implementieren Sie die FPKM Normalisierung gemäß der edgeR Dokumentation und fahren Sie dann mit TMM, RLE und Upper Quantile Normalisierung fort. Stellen Sie Konsistenz mit den vorhandenen CPM und RPKM Implementierungen sicher.
Tech Stack
python
Domain
bioinformatics
Issue Type
Funktion
SchwierigkeitGeschätzte Implementierungsschwierigkeit für neue Contributors, von 1 für sehr kleine Änderungen bis 5 für Expertenarbeit.
3
Geschätzte ZeitEin grober Zeitrahmen, um zu recherchieren, zu implementieren, zu testen und einen Pull Request vorzubereiten.
1-2 Tage
AktivitätsstatusWie verfügbar das Issue gerade wirkt: frisch, aktiv, stale, blockiert oder wartet auf Maintainer-Input.
Aktiv
KlarheitWie klar das Issue die erwartete Änderung, Akzeptanzkriterien und den nächsten Schritt erklärt.
Klar
Voraussetzungen
Pythonbiology fundamentals
EinsteigerfreundlichkeitEin Score von 1 bis 100, der schätzt, wie zugänglich dieses Issue für First-Time Contributors ist.
50