pymc-devs/pymc

Use same API for defining internal and external Nuts kwargs

Open

#6.757 geöffnet am 7. Juni 2023

Auf GitHub ansehen
 (2 Kommentare) (0 Reaktionen) (0 zugewiesene Personen)Python (1.902 Forks)batch import
bughelp wantedjax

Repository-Metriken

Stars
 (7.926 Stars)
PR-Merge-Metriken
 (Durchschn. Merge 11T 6h) (12 gemergte PRs in 30 T)

Beschreibung

Description

User on discourse reported:

How can I set the maximum tree depth for the NUTS method from the numpyro library? The way described in the test file test_mcmc_external.py doesn’t work:

import pymc as pm
import numpy as np

with pm.Model():
        a = pm.Normal("a")
        idata = pm.sample(nuts_sampler = "numpyro",
                          target_accept = 0.99,
                          nuts = {"max_treedepth": 1},
                          random_seed = 1410)

print(np.max(idata.sample_stats.tree_depth))
# <xarray.DataArray 'tree_depth' ()>
# array(4)

and specifying something via the nuts_kwargs argument throws ValueError: Unused step method arguments: {'nuts_kwargs'}.

I don't know if nuts should be converted to nuts_kwargs, but even if a user were to pass nuts_kwargs to sample, those wouldn't make it to the sample_numpyro_nuts function because we drop arbitrary kwargs passed here:

https://github.com/pymc-devs/pymc/blob/261862d778910a09c5b61edcc66958519a86815e/pymc/sampling/mcmc.py#L252

Contributor Guide

Research-Richtung
Untersuche, wie kwargs im sample() Aufruf behandelt und an sample numpyro nuts übergeben werden, insbesondere um Zeile 252 von mcmc.py. Stelle sicher, dass der Parameter 'nuts' (oder 'nuts kwargs') korrekt weitergeleitet und nicht verworfen wird.
Tech Stack
python
Domain
backend
Issue Type
Fehler
SchwierigkeitGeschätzte Implementierungsschwierigkeit für neue Contributors, von 1 für sehr kleine Änderungen bis 5 für Expertenarbeit.
2
Geschätzte ZeitEin grober Zeitrahmen, um zu recherchieren, zu implementieren, zu testen und einen Pull Request vorzubereiten.
1-3 Stunden
AktivitätsstatusWie verfügbar das Issue gerade wirkt: frisch, aktiv, stale, blockiert oder wartet auf Maintainer-Input.
Aktiv
KlarheitWie klar das Issue die erwartete Änderung, Akzeptanzkriterien und den nächsten Schritt erklärt.
Meist klar
Voraussetzungen
PythonPyMC
EinsteigerfreundlichkeitEin Score von 1 bis 100, der schätzt, wie zugänglich dieses Issue für First-Time Contributors ist.
55