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Refactor `EmpiricalGroup` to take `InferenceData` inputs

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#5.884 geöffnet am 12. Juni 2022

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Beschreibung

To decrease our dependence on MultiTrace, and to improve support for workflows were InferenceData objects are saved to disk, the EmpiricalGroup approximation should be refactored.

Currently it takes only MultiTrace inputs, but that's just because it needs access to transformed posterior draws. Since the approximation is created inside a modelcontext, it should be no problem to get the transforms from the Model and apply them to untransformed posterior draws.

Steps

  1. Write a function to transform posterior draws given a pm.Model instance and an xarray.Dataset (e.g. idata.posterior) containing untransformed draws.
  2. Refactor EmpiricalGroup to work with that xarray variable instead of a MultiTrace
  3. Maintain backwards-compatibility (with a deprecation warning) by automatically converting MultiTrace inhputs to InferenceData internally

Contributor Guide

Research-Richtung
Schreibe eine Funktion, um Posterior Draws basierend auf einem pm.Model und einem xarray.Dataset zu transformieren, und refaktoriere dann EmpiricalGroup, um diese Funktion zu verwenden, wobei die Abwärtskompatibilität mit einer Veraltungswarnung für MultiTrace Eingaben erhalten bleibt.
Tech Stack
python
Domain
backend
Issue Type
Refactoring
SchwierigkeitGeschätzte Implementierungsschwierigkeit für neue Contributors, von 1 für sehr kleine Änderungen bis 5 für Expertenarbeit.
2
Geschätzte ZeitEin grober Zeitrahmen, um zu recherchieren, zu implementieren, zu testen und einen Pull Request vorzubereiten.
1-3 Stunden
AktivitätsstatusWie verfügbar das Issue gerade wirkt: frisch, aktiv, stale, blockiert oder wartet auf Maintainer-Input.
Aktiv
KlarheitWie klar das Issue die erwartete Änderung, Akzeptanzkriterien und den nächsten Schritt erklärt.
Klar
Voraussetzungen
PythonPyMCxarray
EinsteigerfreundlichkeitEin Score von 1 bis 100, der schätzt, wie zugänglich dieses Issue für First-Time Contributors ist.
60