pymc-devs/pymc

Increase support for batched multivariate distributions

Open

#5.383 geöffnet am 24. Jan. 2022

Auf GitHub ansehen
 (9 Kommentare) (0 Reaktionen) (0 zugewiesene Personen)Python (1.902 Forks)batch import
enhancementshelp wanted

Repository-Metriken

Stars
 (7.926 Stars)
PR-Merge-Metriken
 (Durchschn. Merge 11T) (7 gemergte PRs in 30 T)

Beschreibung

The logp of several multivariate distributions does not work (or is not tested) for arbitrarily batched dimensions. Some cases I could confirm include:

  • MvNormal - #6897
  • MvStudentT #6897
  • KroneckerNormal
  • MatrixNormal
  • LKJCorr
  • LKJCholeskyCov
  • StickBreakingWeights (alpha) #6042
  • Wishart (may be fine to ignore) #8246
  • CARRV (maybe better to leave this one as is)

Reproducible code:

size = (4, 3)
pm.logp(pm.MvNormal.dist(mu=np.ones(2), cov=np.eye(2), size=size), np.ones((*size, 2)))
# ValueError: Invalid dimension for value: 3
pm.logp(pm.MvStudentT.dist(nu=3, mu=np.ones(2), cov=np.eye(2), size=size), np.ones((*size, 2)))
# ValueError: Invalid dimension for value: 3

Distributions that already support (and have tests for) arbitrary shapes

Contributor Guide

Research-Richtung
Überprüfe die Implementierung der logp Methode für jede aufgeführte multivariate Verteilung und verfolge die Shape Behandlung, um zu identifizieren, wo Batched Dimensionen fehlschlagen.
Tech Stack
python
Domain
datamachine learningaibackend
Issue Type
Fehler
SchwierigkeitGeschätzte Implementierungsschwierigkeit für neue Contributors, von 1 für sehr kleine Änderungen bis 5 für Expertenarbeit.
3
Geschätzte ZeitEin grober Zeitrahmen, um zu recherchieren, zu implementieren, zu testen und einen Pull Request vorzubereiten.
3-5 Tage
AktivitätsstatusWie verfügbar das Issue gerade wirkt: frisch, aktiv, stale, blockiert oder wartet auf Maintainer-Input.
Aktiv
KlarheitWie klar das Issue die erwartete Änderung, Akzeptanzkriterien und den nächsten Schritt erklärt.
Klar
Voraussetzungen
PythonPyMCProbability
EinsteigerfreundlichkeitEin Score von 1 bis 100, der schätzt, wie zugänglich dieses Issue für First-Time Contributors ist.
55