nextflow-io/nextflow

Cumulative job duration (realtime) in the nextflow execution report

Open

#6.298 geöffnet am 22. Juli 2025

Auf GitHub ansehen
 (0 Kommentare) (0 Reaktionen) (0 zugewiesene Personen)Groovy (784 Forks)batch import
good first issuestale

Repository-Metriken

Stars
 (3.382 Stars)
PR-Merge-Metriken
 (Durchschn. Merge 3T 18h) (38 gemergte PRs in 30 T)

Beschreibung

New feature

The nextflow execution report is a very helpful tool for profiling pipeline performance and resource allocation. The current report describes well the per-process distribution of runtimes, but does not report the cumulative realtime duration by process.

Use case

I have some process which run in reasonable amount of time, but are executed many thousands of times, leading to very large cumulative runtimes. These processes are great candidates for performance optimization, but do not stand out in the current report.

Suggested implementation

I currently derive this from the trace file, but it would be right at home as a cumulative runtime bar plot in a separate tab of the Job Duration section of the execution report.

Contributor Guide

Research-Richtung
Beginnen Sie mit der Untersuchung des vorhandenen Codes zur Erstellung von Ausführungsberichten, wahrscheinlich in den Modulen, die HTML/Diagramme erzeugen. Suchen Sie nach dem Abschnitt "Job Duration" und wie das aktuelle Verteilungsdiagramm erstellt wird. Das kumulative Dauer Balkendiagramm könnte als neuer Tab nach demselben Muster hinzugefügt werden. Erwägen Sie, die bereits vorhandene Trace Dateiparsing Funktion zu nutzen. Da keine Kommentare oder PRs existieren, sollte der Beitragende vor dem Codieren einen Entwurf im Issue vorschlagen.
Tech Stack
groovy
Domain
performancedata
Issue Type
Funktion
SchwierigkeitGeschätzte Implementierungsschwierigkeit für neue Contributors, von 1 für sehr kleine Änderungen bis 5 für Expertenarbeit.
3
Geschätzte ZeitEin grober Zeitrahmen, um zu recherchieren, zu implementieren, zu testen und einen Pull Request vorzubereiten.
1-2 Tage
AktivitätsstatusWie verfügbar das Issue gerade wirkt: frisch, aktiv, stale, blockiert oder wartet auf Maintainer-Input.
Frisch
KlarheitWie klar das Issue die erwartete Änderung, Akzeptanzkriterien und den nächsten Schritt erklärt.
Meist klar
Voraussetzungen
Familiarity with Nextflow execution reportBasic Groovy/Java knowledge
EinsteigerfreundlichkeitEin Score von 1 bis 100, der schätzt, wie zugänglich dieses Issue für First-Time Contributors ist.
50