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AWS Batch Fargate requires exact CPU values?

Geschlossen

#5.781 geöffnet am 12.02.2025

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 (4 Kommentare) (0 Reaktionen) (0 zugewiesene Personen)Groovy (784 Forks)batch import
executor/aws-batchgood first issuetriage/investigate

Repository-Metriken

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PR-Merge-Metriken
 (Durchschn. Merge 16T 9h) (54 gemergte PRs in 30 T)

Beschreibung

When running wf-human-variation from ONT on AWSBatch Fargate, I get this error

ERROR ~ Error executing process > 'ingress:minimap2_alignment (1)'

Caused by:
  Requirement of 12 CPUs is not allowed by Fargate -- Check process with name 'ingress:minimap2_alignment (1)'

From what I can tell it's because the requested CPU value does not match one from the list found here:

https://github.com/nextflow-io/nextflow/blob/944f48f9b52d47032bf57e16cfe11fe9410972b2/plugins/nf-amazon/src/main/nextflow/cloud/aws/batch/AwsBatchTaskHandler.groovy#L923-L943

It seems a bit restrictive to require specific CPU values, am I doing something wrong or is that in fact the case?

Contributor Guide

Research-Richtung
Untersuchen Sie die zulässigen CPU Werte für AWS Batch Fargate und vergleichen Sie sie mit der hartcodierten Liste in AwsBatchTaskHandler.groovy. Entscheiden Sie, ob die Validierung gelockert werden sollte oder ob die Fehlermeldung verbessert werden sollte, um die zulässigen Werte aufzulisten.
Tech Stack
groovyaws
Domain
backendclouddevops
Issue Type
Fehler
SchwierigkeitGeschätzte Implementierungsschwierigkeit für neue Contributors, von 1 für sehr kleine Änderungen bis 5 für Expertenarbeit.
2
Geschätzte ZeitEin grober Zeitrahmen, um zu recherchieren, zu implementieren, zu testen und einen Pull Request vorzubereiten.
1-3 Stunden
AktivitätsstatusWie verfügbar das Issue gerade wirkt: frisch, aktiv, stale, blockiert oder wartet auf Maintainer-Input.
Aktiv
KlarheitWie klar das Issue die erwartete Änderung, Akzeptanzkriterien und den nächsten Schritt erklärt.
Klar
Voraussetzungen
GitAWS Batch concepts
EinsteigerfreundlichkeitEin Score von 1 bis 100, der schätzt, wie zugänglich dieses Issue für First-Time Contributors ist.
55