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A flag to remove quotation marks from index file

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#5.546 geöffnet am 27. Nov. 2024

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 (1 Kommentar) (0 Reaktionen) (0 zugewiesene Personen)Groovy (784 Forks)batch import
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PR-Merge-Metriken
 (Durchschn. Merge 3T 18h) (38 gemergte PRs in 30 T)

Beschreibung

New feature

Usage scenario

I want to create a several entry point for the pipeline, so that users would be able to rerun my pipeline from the middle. This requires a creation of file list which are required to run pipeline from middle entry point (see example).

Suggest implementation

For this I find index file creation a very useful feature. The only problem is that quotation marks are added to the values. This makes index files more difficult to read as well as prevents a direct reading from them with .splitCsv operator as quotation marks are still left. This causes an error:

ERROR ~ Error executing process > 'PYCISTOPIC:INFERPEAKS:InferConsensus (22)'
Caused by:
  Not a valid path value: '"home/launchdir/results/narrowPeaks/neurons_peaks.narrowPeak"'

So it would be great to have a way to remove quotation marks from index file

Contributor Guide

Research-Richtung
Das Issue fordert ein Flag, um Anführungszeichen aus von Nextflow generierten Indexdateien zu entfernen. Beginnen Sie mit der Untersuchung der Logik zum Schreiben von Indexdateien im Nextflow Code, wahrscheinlich um die `IndexFile` Klasse oder verwandte Pipeline Komponenten herum. Suchen Sie nach der Stelle, an der Anführungszeichen zu Dateipfaden hinzugefügt werden, und erwägen Sie das Hinzufügen einer Konfigurationsoption (z. B. `quoteIndexValues`), die standardmäßig `true` ist, um die Abwärtskompatibilität zu gewährleisten.
Tech Stack
groovy
Domain
clideveloper experience
Issue Type
Funktion
SchwierigkeitGeschätzte Implementierungsschwierigkeit für neue Contributors, von 1 für sehr kleine Änderungen bis 5 für Expertenarbeit.
3
Geschätzte ZeitEin grober Zeitrahmen, um zu recherchieren, zu implementieren, zu testen und einen Pull Request vorzubereiten.
1-3 Stunden
AktivitätsstatusWie verfügbar das Issue gerade wirkt: frisch, aktiv, stale, blockiert oder wartet auf Maintainer-Input.
Frisch
KlarheitWie klar das Issue die erwartete Änderung, Akzeptanzkriterien und den nächsten Schritt erklärt.
Klar
Voraussetzungen
Familiarity with Nextflow internalsGroovy programming
EinsteigerfreundlichkeitEin Score von 1 bis 100, der schätzt, wie zugänglich dieses Issue für First-Time Contributors ist.
60