nextflow-io/nextflow

"Missing project main script" error when there is a directory with the workflow name

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#5.073 geöffnet am 18. Juni 2024

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 (3 Kommentare) (0 Reaktionen) (1 zugewiesene Person)Groovy (784 Forks)batch import
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Beschreibung

Bug report

Expected behavior and actual behavior

Expected behaviour

Pipelines runs successfully

Actual behaviour

Nextflow exist with a Missing project main script error when run in a specific directory

What was happening?

The directory contained a sub-directory with the same name as the workflow. Presumably Nextflow was then looking in that directory instead of pulling the remote workflow.

I think that's reasonable behaviour but it would be nice to have a more informative error message if possible and wanted to note it down in case someone else had the same problem.

Steps to reproduce the problem

mkdir hello
nextflow run hello

Program output

N E X T F L O W   ~  version 24.04.2

Missing project main script: hello/main.nf

nextflow.log

Environment

  • Nextflow version: 24.04.2 build 5914
  • Java version: openjdk 21.0.3 2024-04-16
  • Operating system: Ubuntu
  • Bash version: zsh 5.9 (x86_64-pc-linux-gnu)

Contributor Guide

Research-Richtung
Untersuchen Sie die Implementierung des `nextflow run` Befehls in der Nextflow CLI. Suchen Sie nach der Logik, die das Projektverzeichnis und das Hauptskript auflöst, wenn das Argument mit einem lokalen Verzeichnis übereinstimmt. Die Fehlermeldung 'Missing project main script: {dir}/main.nf' wird wahrscheinlich in `src/main/groovy/nextflow/cli/CmdRun.groovy` oder ähnlichem generiert. Überprüfen Sie die Bedingung, die zu diesem Fehler führt, wenn ein Unterverzeichnis mit demselben Namen existiert. Erwägen Sie, eine Prüfung hinzuzufügen, um Remote Workflows gegenüber lokalen Verzeichnissen zu priorisieren, oder eine aussagekräftigere Fehlermeldung bereitzustellen, die dem Benutzer vorschlägt, das lokale Verzeichnis zu entfernen oder umzubenennen.
Tech Stack
groovy
Domain
cli
Issue Type
Fehler
SchwierigkeitGeschätzte Implementierungsschwierigkeit für neue Contributors, von 1 für sehr kleine Änderungen bis 5 für Expertenarbeit.
2
Geschätzte ZeitEin grober Zeitrahmen, um zu recherchieren, zu implementieren, zu testen und einen Pull Request vorzubereiten.
1-3 Stunden
AktivitätsstatusWie verfügbar das Issue gerade wirkt: frisch, aktiv, stale, blockiert oder wartet auf Maintainer-Input.
Aktiv
KlarheitWie klar das Issue die erwartete Änderung, Akzeptanzkriterien und den nächsten Schritt erklärt.
Klar
Voraussetzungen
Basic Nextflow usageHow to run a Nextflow pipeline
EinsteigerfreundlichkeitEin Score von 1 bis 100, der schätzt, wie zugänglich dieses Issue für First-Time Contributors ist.
70