Miladeb77/Y2_Genepanel_project

Bed file integration

Offen

#3 geöffnet am 20.11.2024

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Beschreibung

Issue:

I have managed to extract the gene name start, end and chromosome from ensembl api. However, I am having trouble figuring out how to convert this to a bed file with all the transcripts for the gene

Contributor Guide

Research-Richtung
Untersuchen Sie, wie Sie die Ensembl REST API verwenden, um alle Transkripte eines Gens abzurufen, und verstehen Sie das BED Dateiformat. Erkunden Sie dann, wie Sie die Genkoordinaten auf Transkriptkoordinaten abbilden und eine BED Datei in Python erstellen.
Tech Stack
python
Domain
data
Issue Type
Funktion
SchwierigkeitGeschätzte Implementierungsschwierigkeit für neue Contributors, von 1 für sehr kleine Änderungen bis 5 für Expertenarbeit.
3
Geschätzte ZeitEin grober Zeitrahmen, um zu recherchieren, zu implementieren, zu testen und einen Pull Request vorzubereiten.
Halber Tag
AktivitätsstatusWie verfügbar das Issue gerade wirkt: frisch, aktiv, stale, blockiert oder wartet auf Maintainer-Input.
Aktiv
KlarheitWie klar das Issue die erwartete Änderung, Akzeptanzkriterien und den nächsten Schritt erklärt.
Meist klar
Voraussetzungen
Git
EinsteigerfreundlichkeitEin Score von 1 bis 100, der schätzt, wie zugänglich dieses Issue für First-Time Contributors ist.
65